DNA测序技术在过去的40年中，经历了巨大的改进与变化。早在1977年，首次报道了Sanger和Maxam–Gilbert测序方法，Sanger测序的最大序列长度约1 kb。其对DNA总量的要求较高，一般通过克隆靶标DNA序列并连接载体，进而通过原核细胞大肠杆菌(E. coli)扩增（当时基因组De novo采用BAC文库测序方式），其读长短且耗时；NGS（Next-Generation Sequencing )二代测序包含很多技术平台，其特征是对大量的DNA分子并行测序，多年来已有4个主要的NGS平台投入商业使用：罗氏454平台, Illumina GA/Solexa 平台, ABI SOLiD平台和Life Torrent平台。在过去的10年中，Illumina因其低成本，高速和高产而成为测序市场的主要供应商，Illumina测序平台具有广适性，因此NGS已广泛用于探索基因组学的各个领域，包括肿瘤学，微生物学，环境基因组学，宏基因组学及医学，环境和农业研究等，随时其广泛的应用，其劣势也逐渐的突显，即：二代测序（Illumina为代表）读长短仍然是生物学研究的重要瓶颈，这限制了许多生物学研究的准确性，尤其是在基因组组装研究中。在片段重复（segmental duplication），结构变异（SV，structural variations）或旁系同源区段分析中使用短读长测序可能会导致大量假阳性。尽管测序技术和生物信息学分析在进步，但大型基因组的从头组装仍然具有挑战性。自2015年起，以PacBio和Nanopore为代表的长读长测序技术开始在动植物基因组De novo中初露锋芒（图1 A和B）。